Construida a principios del siglo XVI en honor al mártir romano que protegió a la población de epidemias y calamidades (siendo el patrón del municipio). Es el patrón de Los Palacios y Villafranca junto a la Virgen de las Nieves, y el templo fue una capilla que fue en su día la Iglesia de Villafranca de las Marismas; tiene una edificación sencilla, en la que destaca la talla barroca de San Miguel Arcángel (cuya autoría se atribuye a Pedro Roldán).
En esta antigua capilla se fundó en 1566 la hermandad más antigua de Los Palacios y Villafranca: La Hermandad de la Santa y Vera Cruz.
En los últimos años, el templo ha sido restaurado en varios ocasiones para reparar su cubierta y fortalecer su estructura.